En 1998, le président macédonien Kiro Gligorov avait promis aux sionistes que l’État construirait un musée de la Shoah à Skopje.
En août 2005, la première pierre de l’édifice a été posée dans l’ancien quartier juif de Skopje. Ce quartier se trouve sur la rive gauche de la rivière Vardar entre le vieux pont et le vieux fort turc.
Le but du temple est non seulement de commémorer l’existence des juifs de Macédoine, mais également de « proposer des programmes d’éducation et de recherche sur la société multiethnique, la lutte contre l’intolérance, le racisme et l’antisémitisme, et d’étudier les conditions dans lesquelles la diversité ethnique et religieuse peut être ressentie comme une richesse pour tous ».
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